El Jardín Botánico de Vallarta alberga dos de las plantaciones de árboles nativos más importantes de México, las Colecciones de Encinos y Magnolias. Nuestra colección de Magnolias Mexicanas tiene nueve años y consta de alrededor de 130 ejemplares de 10 especies. Por otro lado, la Colección de Encinos Mexicanos tiene más de 18 años y consta de más de 100 ejemplares de al menos 12 especies nativas. Estos grandes proyectos se han logrado gracias al trabajo en colaboración con Botanical Gardens Conservation International, la ArbNet Global Interactive Community of Arboreta y universidades como la Universidad de Guadalajara, el Jardín Botánico de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla y otros jardines botánicos. Actualmente, continuamos trabajando en los programas de propagación para intercambiar árboles con otros jardines y transmitir estos esfuerzos de conservación en nuestros programas de educación ambiental.